先端バイオイメージング支援プラットフォーム

概要

研究支援代表者	鍋倉　淳一（生理学研究所・所長）
支援機能	総括支援、光学顕微鏡支援、電子顕微鏡支援、磁気共鳴画像支援、画像解析支援
実施期間	令和4〜令和9年度
URL	https://www.nibb.ac.jp/abis/

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支援内容

総括支援活動

支援活動の効率化と広報	４つの支援活動を効率的に推進するために、支援者とユーザー間の連絡・調整を行います。また、ウェブサイトやメーリングリスト、学会でのブース出展等を通して、本支援の広報を行うとともに、研究者からのニーズを調査し、支援活動に反映させていきます。
画像データベースの構築	イメージデータの再利用及び高価値化を目的として、画像データにメタデータを付与して統合的に管理するデータベースの構築を行います。Global BioImaging (GBI) との連携をとおして、世界標準の画像フォーマットの策定など国際的枠組みに参加することで国際標準に対応するシステムの構築を目指します。
国際連携活動	GBIと共同でトレーニングコースやワークショップを開催するとともに、GBI主催のトレーニングコースやワークショップの周知を行います。また、GBIが毎年開催するEoE (Exchange of Experience, 実績・経験に基づく意見交換のための実務者会議)に参加し、国際水準の先端イメージング技術の情報収集とバイオイメージングに関する世界共通の課題に関する議論への参加など、国際連携活動を推進します。

光学顕微鏡支援活動

光学顕微鏡を用いた撮像支援	先鋭的な共焦点顕微鏡や二光子顕微鏡、ライトシート顕微鏡、超解像顕微鏡による支援に加え、利用者から要望が多く近年急速に進歩している透明化技術、イメージングセンサの活用や光刺激デバイスなどを応用した技術支援を行います。試料の生物種や観察対象の特性に適した機器を用いた統合的な観察技術を提供するとともに、利用者の地域も加味しながら固定試料だけでなく生体試料において、高い時間及び空間解像度での観察に至る様々なスケールの現象を観察する先端的技術を提供します。更に、光学顕微鏡を用いた観察だけでなく、光技術による生体分子の操作を支援や、画像解析支援と連携して画像の定量解析に適した顕微鏡画像の取得についても支援します。
光学顕微鏡トレーニング	生きた細胞内の生体分子のダイナミクスを解析するのに必要な、蛍光顕微鏡の基礎と方法論について講義と実習を行います。最先端の蛍光顕微鏡装置を実際に使用した実習を行ううとともに、細胞の扱い方、装置の使い方、画像データの取得・処理法を修得することを目的とします。
その他	上記以外の技術を用いた支援の可能性もありますので、お気軽にお問い合わせ下さい。

電子顕微鏡支援活動

電子顕微鏡を用いた撮像支援	先端電子顕微鏡イメージング技術を用いて、クライオ電子顕微鏡含む透過型電子顕微鏡による生体高分子複合体から細胞に至る立体構造観察、FIB/SEM、SBF-SEM、アレイトモグラフィーを用いた三次元走査顕微鏡による個体・組織・細胞の三次元微細構造の観察とAIを用いた画像認識技術による構造抽出、光-電子相関顕微鏡法と種々の免疫電子顕微鏡法による細胞微細構造における生体分子の局在解析を支援します。観察対象の大きさや性質、必要な解像度に応じて、実験ごとに最適化した高度なノウハウを提供し、多様なニーズに応じた支援を行います。
電子顕微鏡トレーニング	電子顕微鏡法の導入に自ら取り組む研究者に対し、豊富な指導経験を有する支援者が、先端的な凍結技法を含む電子顕微鏡試料作製・観察法について丁寧な指導を行い、試料作製からデータ取得に至る過程に必要な技術の習得のサポートをします。
その他	上記以外の技術を用いた支援の可能性もありますので、お気軽にお問い合わせ下さい。

磁気共鳴画像支援活動

磁気共鳴画像装置を用いた撮像支援	Diffusion Tensor Imaging（DTI）、Resting state、Voxel based morphometry（VBM）を中心とした臨床研究・基礎研究支援を行うとともに、ヒト－動物MRIのデータ収集並びに収集パラメータ支援とデータ解析を支援します。臨床研究では、主に病院における患者MRIデータ収集を対象とした画像標準化を支援するとともに、個々の課題に対して画像解析支援、数理統計支援、データ収集支援を行います。
MRI トレーニング	MRI研究の裾野を広げていくことを目的に、十分な脳画像解析技術をもたない研究者・学生を対象としたチュートリアルを開催します。入門的な講義に加え、画像解析支援と数理統計支援の基礎知識を伝授します。

磁気共鳴画像装置を用いた撮像支援

Diffusion Tensor Imaging（DTI）、Resting state、Voxel based morphometry（VBM）を中心とした臨床研究・基礎研究支援を行うとともに、ヒト－動物MRIのデータ収集並びに収集パラメータ支援とデータ解析を支援します。臨床研究では、主に病院における患者MRIデータ収集を対象とした画像標準化を支援するとともに、個々の課題に対して画像解析支援、数理統計支援、データ収集支援を行います。

MRI トレーニング

MRI研究の裾野を広げていくことを目的に、十分な脳画像解析技術をもたない研究者・学生を対象としたチュートリアルを開催します。入門的な講義に加え、画像解析支援と数理統計支援の基礎知識を伝授します。

画像解析支援活動

画像解析および定量化の支援	光学顕微鏡、電子顕微鏡等によって取得されたライブイメージングを含む画像から、生物学的意義を抽出するプロセスや観察対象物の定量化など、バイオイメージング解析に必要な、画像フィルタリング・セグメンテーションを含む画像解析アルゴリズム及びソフトウェア開発、2D/3D/4Dの形態・動態解析手法開発・技術支援を、機械学習など最先端技術を用いた支援を行うとともに、画像解析の最適化に必要な画像取得方法の技術支援、数理モデル構築に必要な画像解析に関する助言を行います。
画像解析トレーニング	標準的な技術の習得と、自らの研究に還元できるような画像解析の基礎固めを行うことを目的として、画像処理アルゴリズムの基礎原理の講義、それを踏まえたタンパク質分子や細胞、組織レベルの対象における、様々な生物・医学画像の解析を実習します。
その他	上記以外の技術を用いた支援の可能性もありますので、お気軽にお問い合わせ下さい。